El juez federal Marcelo Bailaque procesó a dos ex militares y a un policía santafesino por terrorismo de estado del que fueron víctimas 12 militantes políticos de San Lorenzo. Para los otros tres acusados en la misma causa se dictó la falta de mérito.
Los procesados son Jorge Alberto Fariña, jefe de inteligencia; Rubén Osvaldo Cervera, el ex jefe del Batallón de Arsenales 121 de Fray Luis Beltrán; y el ex policía y personal civil de inteligencia Rodolfo Isach.
Además, Bailaque dispuso el embargo de 1.350.000 pesos sobre los bienes de Fariña, de 400 mil pesos sobre los de Isach y de 50 mil pesos sobre los de Cervera y consideró que no era necesario dictar la prisión preventiva al encontrarse los tres cumpliendo condenas en causas conexas a esta.
El juez tipificó como homicidios los casos de desaparición forzada. Citó al respecto el criterio de la Cámara Federal de Rosario, la cual sostuvo en un caso análogo que "existen elementos de convicción suficientes" para tener por acreditado en esta etapa que "las personas detenidas cuyo destino final se desconoce y es objeto de investigación, hayan sido asesinadas, no resultando óbice a tal conclusión que sus cuerpos hasta el momento no han aparecido o la inexistencia de testigos directos de los presuntos homicidios (...) El hecho que ninguna de aquellas personas haya aparecido o sido vista con vida desde dicha época hace probable en el marco fáctico referencial apuntado con anterioridad, que no hayan sobrevivido a sus privaciones ilegales de la libertad".
La polémica se desató con la falta de mérito para Horacio Hugo Maderna, ex oficial superior del Batallón 121 de Arsenales y, luego del golpe, secretario de Gobierno municipal; Pedro Alberto "Pili" Rodríguez, quien fue director de Asuntos Jurídicos de la Municipalidad de San Lorenzo durante la época en cuestión; y Guillermo Raúl Ferrari, ex segundo jefe del Batallón 121.
El fiscal federal Adolfo Villatte había solicitado oportunamente que se los indague por el delito de asociación ilícita para cometer genocidio, pero Bailaque entendió que no estaba acreditado que los tres hubieran intervenido específicamente en estos hechos en el marco de un acuerdo previo y dictó la falta de mérito por ese crimen. Quedaron excluidos de esa imputación Fariña e Isach, quienes fueron condenados por ese tipo penal en otras causas.
