Desde 2003 a 2006, el Villarreal vivió la mejor época de su historia. Alzó dos Copa Intertoto y fue elegido como el mejor equipo del mundo por la IFFHS (Federación Internacional de Historia y Estadística del Fútbol). Juan Román Riqueme fue una de las figuras del Submarino Amarillo que estuvo en la puerta de la final de la Champions League en la temporada 2005/2006 y por eso está incluido en el mejor once histórico.
El ex Boca fue destacado por el diario español Marca como la gran figura dentro del cuadro ideal del club. Allí, jugó tres temporadas e hizo olvidar su pálida imagen en el Barcelona.
Falló un penal decisivo frente al Arsenal inglés en las semifinales de la recordada Liga de Campeones que finalmente levantó el Barça, que hubiera llevado la serie a los penales contra los británicos.
Riquelme jugó 145 partidos con 45 tantos (es el tercer máximo goleador histórico de la institución, detrás del español Bruno Soriano y el uruguayo Diego Forlán).
Además de Riquelme, aparecieron otros dos argentinos en el equipo titular: Rodolfo Arruabarrena (quien llamativamente fue ubicado en el lateral derecho por la presencia de Joan Capdevila) y Mateo Musacchio, quien perteneció a otra época pero disputó 249 encuentros con la camiseta amarilla. A su vez, en la lista de suplentes figuraron Martín Palermo y Gonzalo Rodríguez.
