Álvarez dejara Atlético y arribara en las próximas horas al equipo comandado por los mellizos Schelotto. El mercado de pases en Estados Unidos cierra el 8 de Mayo por ende todo esta encaminado para que el jugador siga su carrera en aquel país, su pase es a préstamo de seis meses con opción de compra.
En esta operación por el futbolista no se conocieron los detalles del monto de la transferencia, cabe destacar que el equipo decano compro el 50% del pase del ex Talleres de Córdoba y que tenía contrato hasta 2022.
Por otra parte Ricardo Zielinsky tenía pensado nominar al jugador entre los once titulares para el partido de vuelta por los octavos de final de esta Copa de la Superliga, pero se dio con la noticia de que Favio fue al Complejo José Salmoiraghi a retirar sus pertenencias y despedirse de los compañeros.
El mediocampista llego al equipo el 26 de agosto de 2016, jugo una cantidad de 60 partidos aportando 6 goles y misma cantidad en asistencias. Su primer gol con la camiseta del decano lo convirtió frente a Sarmiento de Junín, luego convirtió frente a Racing en la victoria por 3-1. También fue participe en la victoria por Copa Argentina frente a Vélez marcando el único tanto del partido y avanzara a la semifinal del torneo, llego a instancias finales donde salió subcampeón en aquel partido que River le gano a Atlético por 2-1.
Participo en otras competencias con el equipo de 25 de Mayo y Chile: Copa Sudamericana, Copa de la Superliga y en la Copa Libertadores donde estuvo integrado en aquel equipo que consiguió la hazaña de Quito, venciéndolo a El Nacional por 1-0.