Desde hace varios años comenzó a tomar forma la idea de incluir en la construcción del Túnel de Agua Negra un laboratorio que permita a los científicos estudiar sin interferencias las propiedades de partículas muy poco conocidas (como los neutrinos) o la denominada "materia oscura". Finalmente, San Juan en convenio con Coquimbo se comprometió a aportar los fondos para armar el proyecto que permitirá llamar a licitación y construir este laboratorio tan importante para la ciencia internacional, que han bautizado "Andes".
La creación del laboratorio subterráneo resultará única en el hemisferio sur. Cabe destacar que para investigar sobre la materia oscura se necesita la protección de una capa de roca y el Túnel de Agua Negra exigirá una perforación que permitirá que el laboratorio tenga 1.700 metros de roca que actuará como escudo protector.
El sitio oficial del Gobierno de San Juan afirmó que firmaron con la Intendencia de la Región de Coquimbo una Declaración Conjunta en la cual manifestaron interés y voluntad para cooperar para concretar la construcción del laboratorio "Andes".